חדרי הניתוח בבתי החולים הכלליים שנבדקו פועלים ללא נוהל סדור, הצוות הרפואי אינו מנצל אותם כנדרש, נרשמים לא מעט ביטולים ודחיות של ניתוחים וקיים חוסר בכוח אדם לתפעול חדרי הניתוח – כך עולה מדו"ח המבקר. הכשלים בחדרי הניתוח, שעליהם דווח ב"כלכליסט" בתחילת השנה, מובילים לתורים ארוכים ומייצרים "צוואר בקבוק" המשפיע על הפעלת בית החולים כולו. במלים אחרות, המטופלים נאלצים להמתין זמן רב בתור לחדרי הניתוח לפני שהם מועברים למחלקות האחרות.
מהדו"ח עולה כי תקינת כוח האדם הרפואי בחדרי הניתוח היא ארכאית ולא נבחנה מחדש, למרות השינויים הטכנולוגיים. לפי המבקר, קיים מחסור קריטי ברופאים מרדימים, של כ-150 מתמחים וכ-150 מומחים בבתי החולים ברחבי הארץ, וכן מחסור באחיות ובסניטרים, בטכנאים מסייעים ובכוחות עזר. המבקר מציין כי המחסור גורם לפגיעה בבטיחות ההרדמה, בבטיחות המנותח וכאמור, מייצר זמני המתנה ארוכים לניתוחים.